日本粽子的历史可追溯到平安时期，粽子从中国传入日本。
众所周知，在中国，粽子是为了纪念伟大的爱国诗人、政治家屈原。在他投河自尽之日，每年将用粽叶包好的米饭投入河中喂鱼，以免鱼儿吃屈原的尸体。这个典故也同样影响了日本，所以日本也保留了在端午节这天吃粽子的习俗。
不同的是，日本的粽子很少保留米的原形，一般将蒸过的糯米捣碎至成年糕一样，再用蒲叶包起来煮。而中国的粽子一般都是直接用生糯米，还要加上各种各样的馅儿。
日本粽子做法的记载最早出现于承平年间（931-938）编纂的《倭名类聚钞》一书中的《和名知万木》篇。当时记载的做法是，将糯米用植物的叶子包起来后用灰水（灰水是植物的灰泡在水里沉淀过滤以后的液体，其主要成份是碳酸钙，故是碱性的，一般用于漂白或洗涤）煮。所以在日本，粽子原来是利用灰水的杀菌力和防腐性做的一种可保存食品。之后各地对其进行了改良和简化，有的在粽子里包入豆馅，有的将其改新为葛饼（葛餅「くずもち」，一种透明或半透明的和式点心）这样的和式点心了。
日本的粽子，大致有四种：
第一种：就是上面也有介绍的，把蒸熟的糯米，捣碎成年糕状后用蒲叶包起来，然后用灯心草捆扎入水煮。也有用栀子汁来煮染的，这样煮好的粽子就是幸福的金黄色了。
第二种：粳米团子用竹叶包起来。这种粽子日本也叫御所粽（御所粽「ごしょちまき」）、内里粽（内裏粽「だいりちまき」）。
第三种：糯米做的年糕用稻草包成的饴粽（飴粽「あめちまき」）。据说因年糕成饴糖色而得名。
第四种：用茶梅根烧制的灰做成的灰水将糯米泡湿，以此为原料做成年糕，再用稻草包起来，叫做朝比奈粽（朝比奈粽「あさひなちまき」），这是骏河国朝比奈的名物。骏河国是以前日本行政区的一个，位于东海道，相当于现在的静冈县大井川左岸的中部和东北部一带。
其中第二种为现在的和式点心店所沿用，是和式点心粽子的原型，只不过年糕的原料已经变为葛了。而用竹叶来包粽子则是一个叫川端道喜的京都点心师傅创立的，所以人们也特别友好的把这种粽子称作道喜粽。直至现在，川端家也还制作粽子，道喜粽也成为了具代表性的京都点心之一。
而第四种则是最接近粽子原型的做法。日本鹿儿岛的碱水粽（灰汁巻き「あくまき」）、角粽（つのまき），长崎县的糖碱水粽（唐灰汁ちまき「とうあくちまき」）以及新泻县的碱水竹叶粽（灰汁笹巻き「あきささまき」）都是用类似的做法制作的。
