东京轨道交通极其发达，根据运营方分为三类，分别是公营地铁系统、私营铁路系统和国营JR系统。狭义上，地铁指由东京地铁公司（下称东京地铁）和都营地铁组成的公营地铁系统，主要服务于东京23个核心区。其运营状况和北京地铁相似，具有一定的借鉴价值。
东京地铁运营9条线路，总里程195.1公里，2012年日均客运量约684万人次。都营地铁运营4条线路，总里程109公里，日均客运量约267万人次。两者累计日均客运量约达951万人次。东京都总人口在1300万左右，可见东京人选择地铁出行的比例相当高。
在计价方式上，东京地铁和都营地铁相同，都采用分段计价制。东京地铁起步价170日元（1元人民币约合17.8日元），310日元封顶。起步为1至6公里，7至11公里涨至200日元，12至19公里240日元，20至27公里280日元，28公里至40公里310日元。都营地铁价格略高，同等里程分别高出10至120日元不等。
统计数据显示，东京人均月收入为48万日元左右。按一个月22个工作日估算，地铁出行族的人均月交通开支应该在1万日元左右，占月收入的约2%。
东京地铁车票种类繁多，包括IC卡、儿童票、次数卡、月票、团体票和单日票等。
持IC卡乘车可享受优惠，但幅度很小，根据里程减免2至5日元不等。初中以下乘客可购儿童票，价格减半。
次数卡主要是针对非高峰期出行乘客推出的优惠措施。次数卡价格为同里程普通票的10倍，按使用时段分为普通次数卡、非高峰卡和非工作日卡。普通次数卡不受使用时段、日期限制，含11次，相当于买10送1。非高峰次数卡含12次，有使用时段限制，只可在工作日的10点至16点非高峰时段，或休息日使用，相当于买10送2。非工作日卡含14次，只可在周末、节假日使用。
月票分为上班族月票和学生月票，按有效期限分为单月票、季票和半年票。都营地铁根据里程数核算月票价格，以上班族单月票为例，最低价格为6340日元，价格随里程增加上浮，最高为13420日元，价格不同，可乘坐的里程不同。季票和半年票比单月票更划算，但总体优惠幅度都不大，整体算下来只比普通票便宜10%至20%左右。学生月票优惠幅度较大，价格是同里程上班族月票的一半，学生票需携上学证明到售票窗口办理。
单日票主要是针对游客推出的一种优惠措施。东京地铁大人单日票价格为710日元，当天有效，不限乘车次数、里程。学生单日票为360日元。
东京地铁的前身是特殊公共事业法人“帝都高速度交通营团”，2004年改制成为政府全资控股的股份有限公司，大股东为中央政府和东京都政府。其运营线路集中于东京核心区，人口集中，客流量稳定，几乎没有线路亏本。
东京地铁工作人员向记者介绍，2013财年公司实现营业利润938.3亿日元，净利493.8亿日元，经营状况相当出色。
关于定价机制，东京地铁员工并未透露详情，但称调价必须报国土交通大臣审批，不是由公司决定的。
在营团时代，政府禁止东京地铁涉足其他行业，不过2004年改制以来，东京地铁开始打造多元经营模式，包括零售流通、不动产和广告等业务。2013年财报显示，非地铁业务实现75亿日元营业利润，已成公司利润源的重要补充。事实上，东京地铁正在寻求上市，彻底实现民营化。
都营地铁由东京都政府交通局直接运营，规模较小，线路布局不如东京地铁。1960年开通首条线路以来连续45年亏损，2005年才扭亏为盈。扭亏主要得益于线路便利度改善带来客流量上升。2005年，长年亏损的三田线实现与东急线换乘后，开始单线盈利。此外，随着东京城市开发，原本备受冷落的大江户线沿线住宅区增加。2000年左右开始，大江户线客流开始激增，2013年日均客流量近83万，位列都营地铁线路第一。2012年都营地铁实现盈利约123亿日元。
由于两大地铁运营系统经营状况良好，除今年因消费税率调整被动涨价外，东京地铁过去20年保持票价不变。当然，这主要和日本经济大环境有关。上世纪90年代初泡沫破裂以后，日本经济陷入长期通缩，至今仍未摆脱这一局面。
在经济高速增长期，东京地铁价格和社会整体物价水平一样，翻了几番。历史资料显示，1967年东京地铁票价为30日元，此后20多年内涨价9次，1994年达到目前的170日元。不过，由于那段时期日本人均收入持续攀升，物价也水涨船高，地铁涨价当时未引起社会热议。
地铁初期建设成本巨大，是大城市基础设施建设的重要组成部分，日本政府也对地铁建设和运营提供财政补贴。大和综合研究所的报告显示，在上世纪60年代至90年代日本经济高速发展时期，各级财政提供的地铁事业补贴一直维持在3000亿至4000亿日元的水平。进入21世纪以后，随着各城市线路布局趋于完善，以及地铁系统本身票务收入持续上涨，运营状况改善，财政补贴开始下降，2010年已不足2000亿日元，主要用于前期建设贷款的还本付息。
东京地铁和都营地铁每年也都从中央政府和东京地方政府获得财政补贴。以都营地铁为例，从1960年至2000年的40年内，都营地铁年均接受中央政府和东京政府各种形式财政补助240亿日元左右，其中东京都政府每年提供约190亿日元，约占东京政府年财政开支额0.4%左右。财政补贴对都营地铁亏本时期维持正常运营起到关键作用。
