1、铁路、电车
日本国内”JR”铁路网四通八达，特别是大都市近郊。除了“JR”的路线，私人铁路（民营公司的电车、铁路）的铁路、电车网也非常发达，行驶时刻也十分准确，铁路、电车可以说是非常便捷的交通手段。私人铁路在总站与“JR” 相接，成为多数市民上班、上学的“代步工具”。例如，东京周边（首都圈）就延伸出西武铁路、京王帝都电铁、东武电铁、小田急电铁、东京急行电铁、京滨急行电铁等私人铁路，形成私铁网。
高峰时段为工作日的早上7点～9点、下午5点～7点。
电车依照其行驶速度与停靠的站数，分为每站停车、准急、急行、通勤快速、特急等。乘车时，除了乘车券之外，有的还需要另外购买特急券、座位指定券、首席券（头等车厢）等车票。一般学生可以使用“学割”（”学生优待票”的简称），以廉价乘坐电车、铁路。另有其他多种折扣服务票价。
2、新干线
新干线为联结主要城市的高速干道铁路。目前，已通行的有东海道新干线（东京—新大阪）、山阳新干线（新大阪—博多）、东北新干线（东京—新青森之间）、秋田新干线（盛冈—秋田）、山形新干线（福岛—新庄）、上越新干线（大宫—新泻）、北陆新干线（高崎—长野）、九州新干线（博多—鹿儿岛）。是许多人洽商、旅游的移动手段。新干线也有“学割”等折扣优惠和服务。
3、地下铁
大都会区的重要交通手段绝对少不了地下铁。在东京里面，就有TOKYO METRO（东京地铁公司）运营的9条路线（丸之内线、东西线、南北线、有乐町线、千代田线、半藏门线、日比谷线、银座线、副都心线）、以及都营线（东京都运行的路线）的4条路线（三田线、新宿线、浅草线、大江户线），与私铁交错行驶。此外，大阪、神户、名古屋、横滨、京都、札幌、仙台、福冈也都有地下铁。
4、公车
公车路线涵盖铁路未能到达区域。票价有的是路线内同一票价（市区内约为250日元），有的是依行驶距离逐一递增，各不相同。其基本票价比铁路票价高，末班车也比铁路早，通常为晚间9～10点。此外，行驶在高速公路上的公车，如联结都市的高速公车与深夜公车也相当普及。
5、计程车
依照车辆的大小，分为大型、中型、小型，乘载人数各不相同。起跳价格（两公里以内的基本费）各地不同，例如，东京都要730日元（人民币约44元），大阪起步价为680日元（人民币约41元），福冈市起步价为570日元（人民币约34元），名古屋起步价为510日元（人民币约30.5元），两公里后每274米增加80日元（人民币约5元）。晚间11点至次日凌晨5点采用夜间加成制，车费增收30%。在行驶高速公路时，也会加收费用。
日本的计程车费用，通常比外国贵，并不是留学生可以轻松利用的交通工具。就曾经有过一位刚到日本留学的南韩留学生，以在韩国搭乘计程车的感觉乘坐日本的计程车，结果对惊人的车资错愕不已。
6、自用车
如果要在日本开车，请在来日本之前就先在自己的国家取得国际驾照，或是将自己国家的驾照更换为日本的驾照。驾照的更换可在离个人所在地最近的监理处办理。而大都市常中有塞车和停车位确保等问题，开车移动有时反而不便。此外，日本的汽油费又贵，保养维修费、税金等也所费不赀，所以不鼓励留学生将自用车当作交通工具。
7、航空
飞机频繁往来于各主要城市间，在短时间内连接铁路耗时费日才能到达的距离，东京周边（首都圈）的羽田机场是国内航空路线的据点机场。
除了日本航空（JAL）、全日空（ANA）和日本系统航空（JAS）等主要航空公司外，空中标志航空（SKY）与北海道国际航空（ADO）也新加入航空服务行列，日本的国内航空已迎向航运票价自由化的时代。不但推出各项优惠折扣的服务，某些路线，甚至出现比新干线等陆上交通工具还要便宜的情形。
