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国立大学是由政府出资兴办，与众多私立大学有着本质上的区别。日本的国立大学都设有大学院（研究生院），开设硕士和博士课程。国立大学的背景在申请奖学金、享受医疗保险、就业、交通费折扣等方面拥有更多的机会和优惠。当然，并不能一概而论地说，国公立大学一定比私立大学好。一流的私立大学也是很有实力的，学生应根据自身的条件、兴趣和对学科的要求选择自己想去的大学。
现将日本国立大学读研的基本优势整理如下：
1、国立大学之间差距较小，与众多私立大学相比较，日本国立大学相对质量比较均一，不存在超一流私立大学与危险大学之间的“天壤之别”。这是因为，国立大学目前还不存在质量低劣的大学。即便个别某所地方国立大学因生源不足发生运营困难，其解决的方式通常是与就近的国立大学合并，受损害的最多的是学校的教师，而学生一方不会有什么损害。但国立大学相对自由度较小，政策转变较慢，通常设置新型学科不是件容易事。另外一点就是招生体制保守，目前日本国立大学招生基本局限于日本国内招生，留学生想要报考日本国立大学通常需要经过半年到1年预备教育的过渡，才能在日本完成升学。
2、就读国立大学的留学生有很大几率可以申请到学校宿舍，不仅价格低廉、距离学校较近、每天上下学会变得很方便。而且还可以和各个国家的留学生一起生活，有助于刚到日本的留学生建立人际关系。并且因为宿舍价格低廉的原因，在就学期间，绝大部分学生半工半读即可实现生活费自理，极大地减轻了家庭的负担。
3、日本国立大学在入国管理局和大使馆有很高的信誉，签证申请一般来说都比较顺利，成功率颇高。
4、日本国立大学学费便宜。即使包含了首年的入学金，学费也可以控制在80万日元左右（约等于5万人民币左右），并且获得奖学金的机会相当大。
5、国立大学一般都设有面向留学生的免费日语写作辅导，老师会教平时上课要交的小论文和正规论文的写法，有助于留学生日语学术写作能力的进步。
6、日本的一流大学就业前景比较光明。去日本读硕士将来无论回国或留在日本，都会有良好的就业前景。如果选择了费用相对低廉的国立大学的话，在日本就职一年的工资即可收回全部教育投资。
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